要想生物菌肥達到良好的改良土壤及延長土壤使用壽命效果，必須保證菌體為活體狀態，并且不斷進行繁殖。這需要從以下幾個方面來做：
? ? （1）
菌肥肥效持續時間長。由于生物菌具有較強的生命力，一般肥效可達150～180天，一季作物只施用一次，即可滿足作物一生的生長發育的要求。
? ? （2）菌肥是一種活性菌，施用時必須埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌對作物的根系和種子不造成任何傷害，所以菌肥施用時應限度地靠近作物根系，讓其與作物根系限度地接觸，才能充分發揮生物菌肥的肥效。作種肥時，施于種子正下方2~3cm處；作追肥時盡量靠近根系為好；葉面噴施時，應在下午3時后進行，并噴施于葉的背面，防止紫外線殺死菌種。
? ? （3）
菌肥與其它肥料配合施用效果好。菌肥是一種高含菌量的生物制劑，施于土壤后需要15~20天才能發揮肥效，多數生物菌需在氮元素的作用下才能復蘇，所以在施菌肥時要適量地配合少量的氮肥。如與有機肥料配合施用（每公頃配施商品有機肥80kg），可加快改善土壤的理化性狀，增加土壤有機質的含量，提高生物菌的活性。
? ? （4）保持土壤適宜的溫濕度條件：菌肥在土壤持水量30%以上、土壤溫度在10～40℃、pH值在5.5～8.5的土壤條件下均可施用。在土壤持水量小于30%時要及時澆水，并及時中耕松土以保持土壤墑情、提高土壤溫度。
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